ISA는 운용 방식에 따라 세 가지 유형으로 나뉜다. 신탁형은 예·적금, 펀드, ELS 등을 금융기관이 고객 지시에 따라 편입하는 방식이다. 일임형은 금융기관이 투자자 성향에 맞춰 포트폴리오를 직접 구성·운용한다. 중개형은 투자자가 국내 상장 주식, ETF, 리츠, 펀드 등을 직접 자유롭게 매매할 수 있다.
절세 효과와 운용 유연성을 함께 챙기려면 중개형이 가장 유리하다. 신탁형은 국내 상장 주식 직접 매매가 불가하고, 일임형은 수수료 구조가 복잡하며 투자자 선택권이 제한된다. 중개형은 국내 상장 ETF 전체와 리츠, 국내 상장 주식을 비과세 계좌 안에서 직접 매매할 수 있어 포트폴리오 설계 자유도가 세 유형 중 가장 높다.
단, 중개형 ISA에서도 해외 주식 직접 매매는 불가하다. 해외 지수를 추종하는 국내 상장 ETF(예: 미국 S&P500 지수 추종 ETF)는 편입 가능하다. 해외 주식을 직접 매매하려면 ISA 외부 별도 계좌를 이용해야 한다. 중개형 ISA는 증권사에서만 개설할 수 있으며, 은행에서 개설한 ISA는 중개형 운용이 불가하다.